L'Église Catholique a souvent invoqué la pratique très ancienne du baptême des enfants comme preuve de son authenticité, ou, tout au moins, comme confirmation de son bien-fondé.
Un bref rappel historique permettra de mieux situer les principales étapes de la constitution des églises de multitude et de la pratique du baptême des petits enfants.
On le voit, à cette époque, il n'est plus question de conversion, et les empereurs ont de plus en plus regard et pouvoir de décision sur l'Église. En fait, en imposant à tout le peuple la norme de la "chrétienté", les empereurs cherchaient principalement à renforcer l'unité de leur empire et leur propre autorité.
Il y eut cependant des réactions. Des croyants fidèles à la Parole continuèrent à voir l'Église comme un « petit troupeau » (Luc 12.32) entouré par la masse des "christianisés" mais irrégénérés.
Ces croyants voulaient l'Église indépendante de l'Etat et fondée sur une foi personnelle exprimée dans le baptême des croyants. Leur souci de vérité leur valut d'être considérés comme des "schismatiques". Beaucoup durent vivre cachés et connurent des persécutions.
« Priscillens, Pauliciens, Bogomiles, Culdées, Pétrobusiens, Patarênes, Vaudois, Beghards, Lollards, et combien d'autres furent également persécutés, pourchassés et exécutés par milliers par une organisation monopolisant le terme usurpé d'église. Pourquoi ? Parce qu'ils avaient commis le crime de vouloir suivre l'enseignement des apôtres tel qu'il nous est transmis dans le Nouveau Testament ». (A. Kuen, "Je bâtirai mon Eglise", p.205-206).
Pendant tout le Moyen-Âge, ce fut l'Église des papes qui domina le monde. Le peuple vivait dans l'ignorance de la Bible. L'usage de la langue latine obscurcissait la compréhension des offices religieux. Les responsables de l'Église officielle s'étaient eux-mêmes écartés de la Parole de Dieu, et beaucoup vivaient comme de grands dignitaires.
C'est dans ce contexte décadent qu'éclata, au XVI° siècle, la Réforme protestante. Luther, Calvin et Zwingli, et bien d'autres réformateurs, réussirent à ramener de nombreuses contrées d'Europe à l'obéissance de la Parole de Dieu. La Bible commence alors à être traduite et diffusée dans différentes langues. Ce retour aux sources de l'Evangile conduisit inévitablement à reconsidérer la pratique du baptême des enfants. Les anabaptistes franchiront ce dernier pas en opérant une réforme radicale : la restauration du baptême des croyants, et une séparation claire entre l'Église et l'Etat. De nombreux mouvements suivront : Mennonite, Baptiste, Quaker..., réveils Morave, Piétiste, Méthodiste...
Actuellement, toutes les églises évangéliques affirment leur volonté d'être fidèles à l'enseignement de Jésus-Christ et des apôtres en pratiquant le baptême des croyants. L'Église Catholique, quant à elle, n'a pas jugé nécessaire, lors du dernier concile Vatican II, de remettre en question sa pratique séculaire du baptême des enfants.